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去曾经发生了而且现今还在发生着，这种观点是极其壮丽的。“

达尔文发现生物界的进化，是在1831年至1836年他随“比格尔”号轮船环游世界的五年中发生的。这次航行使他收集到大量植物、动物和化石标本。不过，认识到进化这种现象是一回事，要解释进化如何发生却完全是另一回事。只是在读了托马斯·马尔萨斯的《人口论》之后，达尔文才得到了部分的解释。他说：“这是马尔萨斯的学说，以数倍的力量在整个的动物界和植物界的应用；因为在这种情形下，既不能人为地来增加食物，也没有谨慎的方法以限制婚姻。”一旦产生的后代在数量上超过了限度，唯有最能适应环境的个体才能在这场不可避免的争夺食物的斗争中生存下去。

不过，达尔文又遇到了另一个难题：他知道，长颈鹿由于颈较长而能获得更多的食物，所以也更适于生存，但他弄不明白，生下的小长颈鹿何以有比父母更长的脖颈，有了更长的脖颈又如何能在种族中代代相传。达尔文是相信融合遗传的，但融合遗传的结果，后代表现的性状理应在双亲之间。那么，这种动物的颈怎会越变越长呢？

为了回答这一问题，达尔文无可奈何地接受了第三种理论的部分观点，即拉马克的“获得性遗传说”。1809年，让·巴蒂斯特·拉马克就提出，父母后天形成的具体技能、习惯和驱体结构可以传递给子女。虽然达尔文说，“老天爷不容我相信拉马克的‘进步的趋势’、‘动物的慢性意志产生适应’等等邪说异端！”但他事实上已经接受了拉马克的意见。他的日记里曾有记载，一位叫弗莱明·詹金的工程师指出，从数学理论上看，融合遗传与自然选择的缓慢进程是水上不相容的，因为，按融合遗传的理论，每经过一个世代，遗传的差异就减掉一半。达尔文没有其它办法解释长颈鹿为何长颈，只好认定长颈鹿把脖颈伸长了，并将这一特点传给了后代。

以上这些就是当时世界上到处都在辩论的问题。在霍普金斯大学、布林莫尔学院、哥伦比亚大学和伍兹霍尔，摩尔根都是进化论的拥护者。一天，吃过晚饭后，在一个夏季实验室里，摩尔根从前的老师布鲁克斯就遗传问题议论开了。威尔逊提高嗓门说：“布鲁克斯，我弄不清你讲这些理论的逻辑关系。”

布鲁克斯霍地站了起来，把嚼烂了的烟草沫，喷到走廊的栏杆上。他回敬道：“威尔逊，我料你也弄不清，你要想出个名堂，够你费好久的脑筋呢！‘

不过，据摩尔根和威尔逊看来，布鲁克斯的思想近乎浪漫，这可不是解决进化论问题的办法。解决有关进化论的问题，必须通过实验，这是摩尔根决定采用的方法。他信奉赫胥黎、洛布和欧洲经验主义理论家的机械主义哲学。1903年，朱尔斯·庞加莱对机械主义作过有力的阐述，他说：“实验是真理的唯一泉源，只有实验能使我们学得新的东西，只有实验才能使我们深信不疑。”

摩尔根认定可以通过实验研究卵如何发育成生物成体。同时他又认为，为了驳倒拉马克的获得性遗传说和达尔文的目然选择说（不久后他又在思考如何否定孟德尔的学说了），也必须通过实验进行研究。他写了五本关于进化的书，在第一本书《进化与适应》里，他对自己在这一时期的哲学观点有过细致但略嫌紊乱的表述。这本书发表于1903年，扉页上写着“献给威廉·基思·布鲁克斯教授，以表敬佩之忱。”摩尔根写的书只有三本是题献给别人的，另外两本，一本献给他母亲，一本献给威尔逊。在《进化与适应》的第463页上，他提到了布鲁克斯，稍微带点否定的意思。在这本总共470页的著作中，大部分表现出他对布鲁克斯最津津乐道的达尔文进化论的厌恶。

《进化与适应》一书主要是评述达尔文进化论所举的例证，不过，其中也讨论了拉马克、德弗里斯和孟德尔的理论。该书的结论是：达尔文和拉马克是错误的，德弗里斯和孟德尔是正确的。例如，摩尔根不同意达尔文所讲的生存竞争。他说：“当食物消耗殆尽时，还有几百万细菌生存着，于是它们一道进入保护性的休眠状态。”刚刚拜访了德弗里斯回来，他就宣称：“我认为，我们开始从新的角度来观察进化过程的时候已经到来。大自然创造新物种是突发性的。在这些新物种中，有一些能够找到它们得以继续生存的地方······有些新类型可能很适应某些地域，就在那里兴旺发达起来；有些只能勉强存活下去，因为它们找不到最适合它们的地方，又不能充分适应目前的生活条件；还有一些根本找不到可以发育的地方，甚至没法开始发育。从这个观点看问题，进化